Em comunicado, acrescentou que eles morreram em 28 de junho, às vésperas do prazo não oficial estabelecido por grupos anti-imigração ilegal para que estrangeiros deixassem o país.
Abuja informou que um dos homens teria sido morto por policiais em Pretória e o outro por agressores não identificados na província de Mpumalanga.
A polícia sul-africana ainda não se pronunciou.
Manifestantes contrários à imigração ilegal culpam os estrangeiros pelos altos níveis de desemprego, criminalidade e pressão sobre os serviços públicos.
A violência ocorrida em manifestações recentes e os ataques contra africanos levaram países como Nigéria, Gana e Zimbábue a repatriar milhares de seus cidadãos.
Em um comunicado divulgado no domingo, o Ministério das Relações Exteriores da Nigéria condenou o assassinato dos homens e alertou que tomará medidas não especificadas caso tais ataques continuem.
O documento instou a África do Sul a investigar rapidamente as mortes e outros casos pendentes envolvendo a alegada execução extrajudicial de nigerianos.
